Mudança no Código

Instalei o sistema i-educar para um cliente e o mesmo pediu algumas modificações simples. Queria saber qual a melhor forma de fazer essas customizações e ao sair nova versão do i-educar não perder essas alterações.

Agradecido , desde de já.

No caso teria que fazer um fork do repositorio e após fazer um pull request para ser aprovado?

Você pode trabalhar com o conceito de módulo, igual tem os módulos transporte, biblioteca e relatórios, assim suas customizações não ficam fortemente acopladas a estrutura de código do i-Educar.

Se as mudanças forem algo relacionado a melhorias no fluxo do produto pode abrir um pull request. Se é algo específico a um cliente seu, sugiro seguir a orientação do Marcos e construir um módulo a parte.