É o mais indicado atualmente e oficial do projeto, entretanto não é mais utilizado.
Não há de facto diferenciação entre as versões, de incompatibilidades e tals, é mais para demarcar uma aporte de código novo no projeto.
A solução com docker é apenas para desenvolvimento, que tem certa automação do ambiente, use apenas em testes em sua maquina local. A maquina local não tem que ser o Ubuntu 16.04
É sim!
Abraços.