Entidade principal: Prefeitura ou Secretaria de Educação?

Bom dia a todos!

Já vem no banco a entidade prefeitura, e as escolas ficam vinculadas a ela. Não cadastramos a secretaria de educação como entidade?

Bom dia!

A entidade já vem pré cadastrada, você pode editar ela como preferir, mas o sistema não está preparado para trabalhar com mais de uma entidade.

No caso de importar os dados do censo… as escolas no censo estão vinculadas à secretaria de educação e não prefeitura. Mas a entidade cadastrada no i-educar é a prefeitura, como funciona a importação?
traz a entidade e as escolas?

Se do censo vem só as escolas então vou alterar a entidade para Secretaria de Educação, há algum problema?

Não tem problema nenhum, você pode deixar o nome da entidade como preferir. Só não pode ter mais de uma entidade cadastrada, como a @Bonot falou